De Hervormde Gemeente van Harderwijk bestaat uit drie wijkgemeentes: wijk Grote Kerk, Wijk Bethelkerk en Wijk de Regenboog. Op een aantal punten hebben die wijken hun eigen zelfstandigheid.
De zaken, de gehele gemeente betreffend worden behartigd door de Algemene Kerkenraad.
Die bestaat uit vertegenwoordigers van de wijken, een voorzitter en secretaris en adviseurs vanuit andere organen van de gemeente (kerkrentmeesters, diaconie, etc)
De samenstelling van de Algemene Kerkenraad is momenteel als volgt:
Voorzitter: A.A. den Braber
Secretaris: H. Eijsenga
Vertegenwoordigers Wijkgemeente Grote Kerk:
Ds. J.W. van Bart
R.W. Goosensen (ouderlng)
J. de Zwaan (diaken)
Vertegenwoordigers Wijkgemeente Bethelkerk:
Ds. J. het Lam
G. van Garderen (ouderling)
E. Raaijen (ouderling Kerkrentmeester
Vertegenwoordigers Wijkgemeente De Regenboog:
Ds. C.P. Both
M. den Besten (ouderling)
G. Uit de Bosch (ouderling)
Ouderling van bijzondere werkzaamheden (ziekenhuis St. Jansdal):
M. de Vente
E. Raaijen (College van kerkrentmeesters)
J. de Zwaan (College van diakenen)